週休２日制の場合、就業規則や労働契約等に法定休日の定めがあればそれによりますが、通達では、どの日が法定休日なのか特定することまでは必ずしも要求していませんので、法定休日を特定していない企業が多く見られます。
会社で定める休日（所定休日）が週２日以上ある場合は、労働基準法に規定する週１回の「法定休日」と「それ以外の休日（法定外休日）」に分けられます。
また、法定休日と法定外休日では、「法定休日」の割増賃金率は「３５％以上」ですが、「法定外休日」の割増賃金率は、「時間外労働」となり、労働時間が１週間４０時間を超えている場合または１日８時間を超えている場合は「２５％以上」となり割増賃金率に差異が発生します。
従って、法定休日がいつであるかを明確にすることが必要です。（但し、会社の就業規則等で休日労働の割増賃金率は３５％とすると定めてある場合は、それが優先します。）
なお、法定休日の例外として、４週間を通じ４日以上の休日を与えることもできます。
下記に解りやすく記載します。

＜週休制の場合＞
週休２日制を採用し法定休日を特定していない場合は、最初の休日労働は時間外労働扱い、２日目の休日労働が法定休日労働となります。例えば、暦週（日曜日から土曜日まで）で土・日曜日が休日の場合、日曜日が法定外休日で土曜日が法定休日となることとなります。
このため、会社で休日労働が必要となり土曜日に出勤し日曜日に休む場合、法定休日を特定しない時は、割増賃金が高くなってしまいます。
従って、①毎週日曜日を法定休日とする②その週の最初の休日を法定休日とする等法定休日を特定することが必要となります。

＜４週４日制の場合＞
４週の休日数が８日の実質週休２日制の会社で、休日労働が行われた場合は、８日の休日のうち最初の４日の休日労働まではすべて時間外労働扱い、５日目の休日労働から法定休日労働となります。
業務の繁閑が事前にわからず、休日労働がいつ行われるか予測できない会社では、法定休日を特定せず時間外労働扱いで処理をして、４週４日の法定休日が確保されなくなった時に休日労働とする対応もあります。
ただし、平成２２年４月の労働基準法改正により大企業の場合、１ヵ月間に６０時間を超える法定時間外労働に対して５０％以上の割増賃金を支払わねばならず、時間外労働の方が法定休日労働より割増賃金率が高くなることとなりました。
（中小企業の場合は、現在適用が猶予されています。）このように、法定休日を特定した方が良いか否かは、その会社の時間外労働時間がどれくらいあるのか、業務の繁閑が予想できるのか、労働基準法改正の適用される大企業か否か等を踏まえ総合的に判断していく必要があります。
また、就業規則等を社員に周知し、使用者は決めたことは遵守する等により労使関係を良好にすることも大切です。